Он же вроде его и так сохраняет, просто когда в конфиг еще раз заходишь оно клавиатуру ставит на дефолт потому что она - первичное устройство ввода на компе. Просто не забывай как в конфиг входишь ставить обратно геймпад и все, вроде не так сложно...
