Если я правильно понял, то Омега должен был заточить Шедоу, если бы Элис умерла, ну т.е. если бы Соник после ее смерти не вернулся в прошлое и не спас бы ее с корабля Эггмана, тогда бы пламя бедствий вырвалось, и появился бы Иблис и все дела. После этого, люди начали искать виновного и далее по непонятной мне причине начали бояться силы Шедоу и заточили его, используя Омегу.
Хотя да получается все запутано, потому что Омега не мог знать что он заточит Шедоу т.к. это был уже тот Омега которого Руж попросила помочь Шедоу, ну не мог же он зная что должен ему помочь, заточить его, а потом помочь О_о второму Шеду которого переместил в будущее Мефилес, или же вызволенного из заточения, хотя нет точно не второе... кароче блин я сам запутался))