Мобильная версия Sonic 4: Episode 2 снова заработала на iOS-устройствах. В 2013 году вышла версия операционной системы iOS 7, с установкой которой игра либо переставала работать совсем, либо работала с огромным количеством ошибок. В результате этого SEGA была вынуждена убрать игру из Apple Store и пообещала ее исправить в скором времени. Однако обещанных исправлений обладатели игры так и не дождались.

С выходом свежего обновления iOS 8.3 Sonic 4: Episode 2 вновь заработала на устройствах Apple, однако не на всех. Как сообщают завсегдатаи форума Sonic Stadium, игра по-прежнему не запускается на iPhone 6. На других мобильных устройствах Sonic 4: Episode 2 зачастую воспроизводится с ошибками. В частности, игра перестает работать, если пропускать внутриигровые ролики и сценки.